持続化補助金 熊本地震の災害支援枠 2次公募｜対象と申請の流れが分かる

この記事は『小規模事業者持続化補助金＜一般型 災害支援枠（令和8年熊本地震）＞2次公募 公募要領（第4版・2026年10月30日）』にもとづいています（2026年11月確認）。

地震の被害から事業を立て直す資金に悩む方へ。令和8年熊本地震の補助金として、熊本県内の小規模事業者が使える持続化補助金の災害支援枠（第2次公募）の対象と申請の流れを整理します。公募要領 第4版（2026年10月30日）によると、申請は12月15日まで受付中で、地域の商工会・商工会議所が発行する支援機関確認書（様式3）の発行受付は12月8日までです。読み終えると、自社が対象かを確かめ、締切に間に合う順番で動けます。（2026年11月時点）

持続化補助金の災害支援枠（令和8年熊本地震）第2次公募とは？受付は12月15日まで

令和8年熊本地震で被害を受けた熊本県内の小規模事業者の事業再建を支える持続化補助金の枠で、第2次公募は2026年11月2日に申請受付が始まり、12月15日まで受付中です。郵送は締切日当日の消印有効、電子申請は締切日の17時までと、方法によって締切の扱いが違います。先に様式3の発行受付の締切を確かめます。

第2次公募の日程（受付期間と締切の時刻）

項目	日付
申請受付開始	2026年11月2日（月）
様式3の発行受付締切	2026年12月8日（火）
申請受付締切	2026年12月15日（火）（電子申請は17時まで、郵送は当日消印有効）

様式3の発行受付は、申請の締切より1週間早く終わります。受付締切以降の発行依頼は、いかなる理由があってもできません。

3次公募の案内と、間接被害の募集が終わる予定

3次公募については、2次公募の受付締切後に持続化補助金のホームページで追って案内される予定です。間接被害の募集は3次公募をもって終了する予定なので、売上減少で申請する事業者は、比べる月の売上と行政機関の証明の書面を早めにそろえ、2次か3次のうちに申請します。通常枠（第20回）は別の公募なので、持続化補助金 2026の解説をご覧ください。

注意：事務局は2026年10月30日のお知らせで、第3次公募から、直接被害を受けた事業者の地震に伴う転倒防止を目的とした設備・什器の固定に要する経費を補助対象とすることが検討されていると案内しています。現時点では検討中の内容です。第2次公募の申請を考えている事業者には、必要に応じて第3次公募での申請も検討するよう求めています。2次公募で採択されると3次公募には申請できない（採択を辞退した場合を除く）ため、転倒防止の固定の経費を入れたい直接被害の事業者は、2次と3次のどちらで出すかを地域の商工会・商工会議所に相談して決めます。

対象になるのは誰？直接被害と間接被害の違い

熊本県内に事業所等があり、地震の被害を公的証明等で確認できる小規模事業者が対象で、被害は直接被害と間接被害に分かれます。直接被害は事業用資産に損壊等があった場合、間接被害は令和8年7月から11月の任意の1か月の売上高が前年同期より20％以上減った場合です。どちらの被害かで補助上限が変わるため、最初に自社の区分を確かめます。

注意：補助対象者の要件には、実績報告の提出時にBCP（事業継続計画）または事業継続力強化計画もしくは連携事業継続力強化計画を策定し、その計画に事前防災の取組事項を記載・明確化していることも含まれます。BCPの様式は問われず、必要書類は実績報告の時に出します。

熊本県内の小規模事業者と従業員数の基準

小規模事業者の基準は、製造業その他が常時使用する従業員20人以下、商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）が5人以下、宿泊業・娯楽業が20人以下です。熊本県内に事業所等があることも条件になります。

直接被害：罹災（被災）証明書などで示す

直接被害は、市町村が発行する罹災（被災）証明書などの公的書類で、事業所等が被災したことを示します。自社の事業用資産に損壊等の直接的な被害があった事業者が当てはまります。

間接被害：7月から11月の任意の1か月で売上20％以上の減少

間接被害は、令和8年7月から11月の任意の1か月間の売上高が、前年同期と比べて20％以上減っていることを指します。判定する月は自社で選べるので、帳簿で月ごとの売上を確かめます。

対象にならないケース（過去の公募回で採択された事業者）

この枠の過去の公募回で採択された事業者（採択を辞退した事業者を除く）は対象外です。1次公募で採択された事業者は過去の公募回に当たるため、2次公募には出せないと読めます。

補助上限と補助率はいくら？直接被害200万円・間接被害100万円

補助上限は直接被害が200万円、間接被害が100万円で、補助率は対象経費の3分の2以内です。直接被害の事業者のうち、新型コロナの影響や過去の災害の被害、債務の状況などの要件をすべて満たす場合だけ、補助率が3分の2以内ではなく定額になります。間接被害の事業者は定額の対象になりません。申請できる額は、被害の区分ごとの上限の中で、対象経費と補助率をもとに計算します。

被害の区分	補助上限	補助率
直接被害	200万円	3分の2以内（直接被害で要件をすべて満たすと定額）
間接被害	100万円	3分の2以内

たとえば、被災した店舗の修繕と機械の入れ替えを同時に進めたい場合、どの支払いが遡りの特例の対象になるか、様式3の発行受付の締切までに何をそろえるかで迷うことがあります。遡りの特例は、被災した日以降の支払いも対象にできる扱いです。支払いの日付と書類の締切を一つの表に並べてから動くと、対象にならない支出や間に合わない書類を避けやすくなります。自社の場合を確かめたい方は、無料相談へどうぞ。
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対象経費は？被災した日以降の支出も遡って対象になる特例

対象経費は機械装置等費・広報費・修繕費・車両購入費（事業に使う車両が被災した場合に限る）など11の区分です。今回の公募の特例として、被災した日以降で交付決定前の事業の経費も、適正と認められれば遡って対象になります。交付決定は、事務局が交付決定通知書で知らせるもので、その日から補助事業を始められます。要領は被災日を令和8年7月28日としています。ただし特例にあたらない発注・契約・支出は、交付決定日前だと補助対象外です。

11の経費区分と、被災した設備・店舗の修繕費

修繕費は、被災した店舗や宿泊施設、各種機械装置等の修理修繕にかかる経費です。被災直前の状態に戻す修理は修繕費、改良・改装は委託・外注費に入れます。通常枠の経費区分の考え方は、持続化補助金 対象経費で説明しています。

対象外になりやすい経費

• 広報費のみによる申請はできません（ほかの経費と一緒に申請します）
• 補助金の応募書類・実績報告書等の作成・送付・手続きにかかる費用
• コンサルティング、アドバイス費用（インボイス制度対応のための専門家への相談費用は除く）

申請の流れは？様式3の発行受付（12月8日）から逆算する段取り

申請の流れは、地域の商工会・商工会議所に相談して様式3（支援機関確認書）の発行を12月8日までに依頼し、そのあと12月15日の締切までに申請を出す順番です。様式3は12月8日の受付締切以降、いかなる理由があっても発行を依頼できないため、申請書の準備より先に依頼の日を決めます。

商工会地区と商工会議所地区で窓口が分かれる

この補助金は、商工会・商工会議所の助言、指導、融資あっせん等の支援を受けながら事業を実施することが要件です。事務局は商工会地区と商工会議所地区で分かれているので、事業所のある地域の窓口に相談します。

様式3の依頼は事業者本人から行う

社外の代理人のみで、地域の商工会・商工会議所へ相談したり、様式3の発行を依頼したりすることはできません。依頼は事業者本人が行い、日程を先に決めます。

電子申請はGビズIDが必要、郵送は持参・宅配便は不可

電子申請にはGビズIDのアカウントが必要で、取得には数週間程度かかります。郵送は、持参や宅配便による送付を受け付けません。郵送でも電子データを保存したCD-ROM・USBメモリ等の電子媒体の同封が要り、電子申請では暫定GビズIDプライムアカウントは使えません。電子申請の申請先は、商工会地区と商工会議所地区で別の国の補助金の電子申請の窓口（Jグランツ）のページが公募要領に示されているため、事業所のある地区のページから出します。

交付決定は令和9年2月頃からの予定、実施と実績報告の期限

• 交付決定の予定は令和9年（2027年）2月頃から、事業実施期限は令和10年（2028年）1月31日
• 実績報告書は、事業完了後30日を経過する日か令和10年2月10日のいずれか早い日まで
• 採択後に出す見積書等の提出期限は令和9年12月31日（出せなければ採択取消）

事務局の実務から
事務局の実務では、申請書の入力が終わっていても、支援機関の書類の依頼の締切を過ぎて申請できなくなる場面が見られます。依頼の締切と申請の締切を別々に控え、余裕をもって動くと安心です。また、申請者の名称・住所が書類ごとに違うと確認に時間がかかりやすいため、履歴事項全部証明書（個人事業主は確定申告書）の表記にそろえてから書類を整えます。電子申請の認証を受け取れる端末と時間も、先に確かめておきます。

申請書類と審査で見られる点は？ヒアリングはなく書類だけで審査

必須書類は応募対象者確認シート、様式1〜4、被害の状況（または売上の減少）がわかる公的書類と決算書類です。決算書類は、法人が直近1期の貸借対照表・損益計算書、個人事業主が直近の確定申告書の写しです。審査にヒアリングはなく、提出書類だけで行われます。そのため、事業再建の取組の適切さと被害の程度、積算の妥当性を書類の中で読み取れるように書きます。決算書類や確定申告書の数字の扱いで迷うときは、顧問の税理士に確かめてください。

全員が出す書類と、被害の状況がわかる公的書類

• 応募対象者確認シート
• 様式1・様式2・様式3・様式4
• 被害状況または売上減による被害状況がわかる資料の写し（公的書類を添付。必須）
• 決算書類の写し（法人は直近1期の貸借対照表・損益計算書、個人事業主は直近の確定申告書。必須）

計画審査の観点（事業再建の取組・被害の程度・積算）

計画審査では、事業再建の取組としての適切さと令和8年熊本地震による被害の程度、自社分析の妥当性や計画の有効性、積算の透明・適切性が見られます。被害の程度は、罹災（被災）証明書などの公的書類と合わせて書きます。

申請前に確かめたい注意点は？自分で準備する場合と専門家に相談する場合

公募要領の注意事項では、事業計画は事業者自らが検討して作るものとされ、自ら検討していないと分かると、評価にかかわらず不採択・交付決定取消になります。補助金は後払いなので、事業の間は自己負担の資金が必要です。同一事業者の応募は1件までなので、提出前に内容を見直す時間を取ります。第三者の支援を受けた場合の書き方も、次の節で確かめます。

計画は自ら作る・第三者の支援は様式2に書く

商工会・商工会議所以外の第三者から支援を受けたときは（支援料金の支払いの有無にかかわらず）、様式2に相手方と支援に係る金額（着手金、成功報酬その他名目のいかんを問わず）を書きます。記載がないと、虚偽の報告として不採択・交付決定取消になります。

自分で準備する場合と、専門家に相談する場合の違い

観点	自分で	専門家
進め方	公募要領を読み、商工会・商工会議所に相談して様式3を頼む	計画の組み立て・内容の確認・日程の整理の支援を受ける
費用	外部への支払いは生じない	補助の対象外。受けた支援は様式2に書く
向く人	書類を読み込む時間がある	日程や書類の整理に不安がある

エムアイエスの支援は、事業計画づくりの支援・内容の確認・手続きの案内です。計画は事業者自らが作るもので、申請の手続きも事業者本人が行います。どちらで進める場合も、様式3の発行受付締切の12月8日より前に依頼できるよう、地域の商工会・商工会議所へ連絡して依頼日を決めるところから始めます。

よくある質問

まとめ

令和8年熊本地震の災害支援枠は、第2次公募を12月15日まで受け付けています。補助上限は直接被害が200万円、間接被害が100万円で、補助率は対象経費の3分の2以内（直接被害で要件をすべて満たすと定額）です。

次の行動は、自社の被害の区分と証明の書類を確かめ、12月8日より前に地域の商工会・商工会議所へ相談して様式3の発行を依頼することです。電子申請を使う場合は、GビズIDの取得に数週間程度かかるため、先に利用登録をします。実績報告の時までにBCPなどの計画を策定することも要件です。

公募要領は事務局の公式ページの「最新の公募要領」から開けます。事業概要の項から読み始めると、日程と補助上限をまとめて確かめられます。自分で進めるのが不安な方は、無料相談で日程と書類の整理を一緒に確かめられます。通常枠の最新の公募は、持続化補助金 2026で確認してください。

被災後の事業再建の補助金を、自社に当てはめて確かめたい方へ

自社の被害が直接被害か間接被害か、様式3の発行受付に間に合う順番はどうなるかを、無料相談で一緒に整理できます。

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参考資料

• 小規模事業者持続化補助金＜一般型 災害支援枠（令和8年熊本地震）＞2次公募 公募要領（第4版・2026年10月30日）：https://r6.jizokukahojokin.info/kumamoto/doc/r6_koubover4_kumamoto2.pdf
• 小規模事業者持続化補助金 災害支援枠（令和8年熊本地震） 事務局ページ：https://r6.jizokukahojokin.info/kumamoto/

※本記事は2026年11月時点で公表されている公募要領・公式サイトの情報をもとに作成しています。要件・日程・補助額は変わることがあります。申請の前に、必ず最新の公募要領をご確認ください。

この記事について

執筆：補助金サポートセンター編集部